Sezaryen karın yolu ile yapılan bir ameliyattır ve her ameliyat gibi bazı riskleri vardır. Bu riskler şunlardır:

• Kesi yerinde enfeksiyon
• Normal doğuma göre daha çok kan kaybı olur.
• Ameliyat esnasında karındaki diğer organların yaralanması riski vardır.
• Karında ameliyata bağlı yapışıklıklar meydana gelebilir.
• Hastanede daha çok kalmayı gerektirir.
• Annenin tamamen iyileşmesi ve normal hayatına dönmesi daha uzun sürer.
• Sezaryen esnasında verilen anestezi ve kullanılan ilaçlarla alakalı sorunlar olabilir.
• Sezaryen esnasında anne ölümü oranı, normal doğuma göre daha fazladır.
• Sezaryenle doğan bebeklerde solunum sorunlarına daha sık rastlanır.
• Bebeğin anesteziden etkilenme riski vardır.